La Fraternité de Jésus est conduite d’une manière ordinaire par le modérateur, seul ou assisté par son Conseil. La ratification de son élection relève de l’évêque diocésain.
Le modérateur de la Fraternité de Jésus, choisi parmi les prêtres vivant en fraternité résidentielle, est élu par l’ensemble des prêtres lors de la retraite annuelle, pour un mandat de 4 ans, renouvelable 1 fois.
Le modérateur assure le lien entre l’évêque et la Fraternité de Jésus.
Il nourrit à l’égard de chaque membre de la Fraternité de Jésus, une affection sincère et un dévouement sans conditions. Soucieux « non d’être servi mais de servir », tel le Bon Pasteur, il veille à l’union et à la charité dans la Fraternité de Jésus. Il dirige, coordonne, exhorte et, au besoin, intervient avec autorité, auprès de tous et de chacun pour qu’ils mettent en pratique fidèlement le charisme de la Fraternité de Jésus.
Le Conseil de Fraternité est composé du modérateur et des représentants des différents états de vie (prêtres, consacrés, célibataires, couples). Il se réunit chaque trimestre ou en cas de nécessité selon la libre décision du modérateur.
Les membres du Conseil de Fraternité sont élus par l’ensemble des membres lors de la récollection annuelle, pour un mandat de quatre ans, renouvelable une fois.
Le Conseil veille à la vie de la Fraternité de Jésus et au respect du charisme. Le conseil est consulté et décide de l’agrégation ou du renvoi d’un frère. Il est aussi chargé, sous le regard de la Providence et en esprit d’abandon, de l’attention à la croissance de la Fraternité. Il vérifie les comptes de la Fraternité.